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誰もが苦しめられたことがあるかも知れない、上記のメッセージ
USB内のファイルを編集中・・・・・・という原因が主に考えられます
しかし、どのアプリケーションもUSB内のファイルを開いていない・・・
もう一つの原因として、エクスプローラーを開いているというのもあり、エクスプローラーを閉じることで解決します
しかし、既にエクスプローラーは閉じている・・・

そして、もう1つの原因として、クリップボート内にUSB内のファイルが存在しているとき
ファイルをロックしてしまって、USBを取り外せないという事象があるようです
USB内のファイルをコピーして、どこにも貼り付けていないという状態の時に起こる可能性が高いようです

では、なぜUSBメモリは安全に外さなければならないのでしょう?
USBメモリにアクセス中の時(アクセスランプが光っている時)にUSBメモリを引き抜くのは、もちろん危険です
最悪の場合、ファイルを壊してしまいます
「安全な取り外し」でUSBメモリのアクセスを停止し、安全にファイルを壊すことなく取り外すことが出来ます 
また、NTFSにはキャッシュという機能があります
USBメモリもNTFSでフォーマットが出来ますが、「安全な取り外し」を行なわないと、キャッシュにファイルが残ってしまい、USBメモリとの整合性が取れなくなります
ただし、デフォルトではキャッシュは無効になっています
デバイスマネージャーからUSBメモリのプロパティを開くと確認できます

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なので、ファイルがアクセス中でなければ、「安全な取り外し」を行なわないでも、そのままUSBメモリを取り外しても問題ないようです
ただ、アクセス中を気付かずに、USBメモリを取り外してしまうこともあるかも知れません
万全を期して、「安全な取り外し」を必ず行なってから取り外すのがベストです

もちろん電源を落としてから、USBメモリを取り外すのも安全です