LinuxでNTPサーバを構築する方法です
OSのバージョンはRHEL6.4で検証しています。

[root@node01 ~]# yum -y install ntp

NTPがインストールされていない場合はインストールします。

[root@node01 ~]# vi /etc/ntp.conf
# Hosts on local network are less restricted.
restrict 172.17.9.0 mask 255.255.255.0 nomodify notrap

#server 0.rhel.pool.ntp.org iburst
#server 1.rhel.pool.ntp.org iburst
#server 2.rhel.pool.ntp.org iburst
#server 3.rhel.pool.ntp.org iburst
server ntp.nict.jp
server ntp.jst.mfeed.ad.jp
server s2csntp.miz.nao.ac.jp


NTPの設定ファイル(/etc/ntp.conf)を編集します。
時刻同期を許可するクライアントの範囲(restrict~)、上位のNTPサーバ(server~)を指定します。

[root@node01 ~]# service ntpd restart
ntpd を停止中:                                             [  OK  ]
ntpd を起動中:                                             [  OK  ]


ntpサービスを再起動します。

[root@node01 ~]# ntpq -p
     remote           refid      st t when poll reach   delay   offset  jitter
==============================================================================
 ntp-a2.nict.go. .NICT.           1 u    8   64    1    4.288  -398940   0.000
 ntp2.jst.mfeed. 133.243.236.17   2 u    7   64    1    3.796  -398940   0.000
 133.40.41.135   133.40.41.133    2 u    7   64    1   15.752  -398941   0.000


ntpq -pコマンドで時刻同期の状態を確認します。
server~で指定したNTPサーバが表示されています。

[root@node01 ~]# ntpq -p
     remote           refid      st t when poll reach   delay   offset  jitter
==============================================================================
*ntp-a2.nict.go. .NICT.           1 u   61   64   17    4.455    1.575   1.111
+ntp2.jst.mfeed. 133.243.236.17   2 u    5   64   37    3.866    2.073   1.379
+133.40.41.135   133.40.41.133    2 u    5   64   37   15.950    1.389   1.411


数分すると左側に「+」か「*」が表示されます。
この表示により時刻同期が行なわれたことが確認できます。