Active Directoryのデータベースは追加、削除が繰り返されると、断片化し容量が無駄に消費されてしまいます。
さらに断片化はパフォーマンスの低下を招くので、最適化の作業が必要になります。

WindowsではActive Directoryのデータベースを最適化する機能があります。
しかし、ADサービスを停止する必要があります。

手順1:Active Directoryサービスを停止します。(依存するサービスも停止します)

C:\Users\Administrator.AD1.001>net stop ntds
次のサービスは Active Directory Domain Services サービスに依存しています。
Active Directory Domain Services サービスを停止すると、これらのサービスも停止さ
れます。

   Kerberos Key Distribution Center
   Intersite Messaging
   DNS Server
   DFS Replication

この操作を続行しますか? (Y/N) [N]: y
Kerberos Key Distribution Center サービスを停止中です.
Kerberos Key Distribution Center サービスは正常に停止されました。

Intersite Messaging サービスを停止中です.
Intersite Messaging サービスは正常に停止されました。

DNS Server サービスを停止中です.
DNS Server サービスは正常に停止されました。

.
DFS Replication サービスは正常に停止されました。

Active Directory Domain Services サービスを停止中です.
Active Directory Domain Services サービスは正常に停止されました。

手順2:ntdsutilでcompatコマンドを実行します。

C:\Users\Administrator.AD1.001>ntdsutil
ntdsutil: activate instance ntds
アクティブ インスタンスが "ntds" に設定されました。
ntdsutil: files
file maintenance: compact to d:\temp
最適化モードを起動しています...
     ソース データベース: C:\Windows\NTDS\ntds.dit
     ターゲット データベース: d:\temp\ntds.dit

                  Defragmentation  Status (% complete)

          0    10   20   30   40   50   60   70   80   90  100
          |----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
          ...................................................

このデータベースの完全なバックアップを今すぐ作成する
ことをお勧めします。最適化の前に作成されたバックアップ
を復元すると、データベースはそのバックアップ時の状態に
ロールバックされます。

圧縮に成功しました。次のコマンドで、ファイルのコピーと古いログ ファイルの削除を
実行してください:
   copy "d:\temp\ntds.dit" "C:\Windows\NTDS\ntds.dit"
   del C:\Windows\NTDS\*.log


file maintenance: quit
ntdsutil: quit 

手順3:新しく作られたデータベースファイル(例の場合:d:\temp\ntds.dit)を既存のデータベースファイルに置き換えます。不要なログファイル(恐らく更新履歴)も削除します。

C:\Users\Administrator.AD1.001>copy "d:\temp\ntds.dit" "C:\Windows\NTDS\ntds.dit
"
C:\Windows\NTDS\ntds.dit を上書きしますか? (Yes/No/All): y
        1 個のファイルをコピーしました。

C:\Users\Administrator.AD1.001>del C:\Windows\NTDS\*.log
 
手順4:Active Directoryサービスを再起動します。(依存しているサービスも自動的に起動します)

C:\Users\Administrator.AD1.001>net start ntds
Active Directory Domain Services サービスを開始します..
Active Directory Domain Services サービスは正常に開始されました。

削除や追加を伴なう大規模なメンテナンスを行なった場合に有用な作業かも知れません。