Active Directoryは以下のようなデータを保持しています。
Active Directoryをバックアップしたい場合はこれらのデータをバックアップ対象に含める必要があります。

・Active Directoryデータベース
・SYSVOLフォルダー

Windows Server 2008以降では標準のバックアップツールとして「Windows Server バックアップ」というのが提供されています。
Windows Server 2008ではActiveDirectoryをバックアップしたい場合はボリューム単位(例えばCドライブ)でバックアップそ取得する必要がありました。
しかし、Windows Server 2008R2から「システム状態」のみを個別にバックアップすることが可能になりました。
Active Directoryをバックアップしたい場合は「システム状態」をバックアップすることで事足ります。

Windows Serverバックアップのコマンドラインツールである、Wbadminでシステム状態のバックアップを取得してみました。

Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation.  All rights reserved.

C:\Users\Administrator.AD1.001>wbadmin
wbadmin 1.0 - バックアップ コマンド ライン ツール
(C) Copyright 2004 Microsoft Corp.

エラー - コマンドが不完全です。次のリストを参照してください。
このコマンドのヘルプを参照するには、「WBADMIN <コマンド> /?」と入力します。

---- サポートされるコマンド ----

ENABLE BACKUP             -- 毎日のバックアップ スケジュールを作成または変更
                             します。
DISABLE BACKUP            -- スケジュールされたバックアップを無効にします。
START BACKUP              -- 1 回限りのバックアップを実行します。
STOP JOB                  -- 現在実行中のバックアップまたは回復操作を
                             停止します。
GET VERSIONS              -- 指定した場所から回復可能なバックアップの詳細を
                             一覧にします。
GET ITEMS                 -- バックアップに含まれる項目の一覧を表示します。
START RECOVERY            -- 回復を実行します。
GET STATUS                -- 現在実行中の操作の状態を報告します。
GET DISKS                 -- 現在オンラインのディスクを一覧表示します。
START SYSTEMSTATERECOVERY -- システム状態の回復を実行します。
START SYSTEMSTATEBACKUP   -- システム状態のバックアップを実行します。
DELETE SYSTEMSTATEBACKUP  -- 1 つ以上のシステム状態のバックアップを削除します。

C:\Users\Administrator.AD1.001>wbadmin start systemstatebackup -backuptarget:d:
wbadmin 1.0 - バックアップ コマンド ライン ツール
(C) Copyright 2004 Microsoft Corp.

システム状態のバックアップを開始しています [2013/08/20 23:28]...
ボリューム情報を取得しています...
ボリューム システムで予約済み (100.00 MB),ローカル ディスク(C:) から d: にシステ
ム状態をバックアップします。
バックアップ処理を開始しますか?
[Y] はい [N] いいえ y

バックアップに指定されたボリュームのシャドウ コピーを作成しています...
(0) 個のファイルが見つかりました。
(107) 個のファイルが見つかりました。
(10533) 個のファイルが見つかりました。
(13777) 個のファイルが見つかりました。
(26672) 個のファイルが見つかりました。
(32813) 個のファイルが見つかりました。
(37199) 個のファイルが見つかりました。
(45387) 個のファイルが見つかりました。
(53107) 個のファイルが見つかりました。
(69469) 個のファイルが見つかりました。
(76186) 個のファイルが見つかりました。
(76230) 個のファイルが見つかりました。
システム状態ファイルの検索が完了しました。
ファイルのバックアップを開始します...
'Task Scheduler Writer' によって報告されたファイルのバックアップが完了しました。

'VSS Metadata Store Writer' によって報告されたファイルのバックアップが完了しまし
た。
'Performance Counters Writer' によって報告されたファイルのバックアップが完了しま
した。
'COM+ REGDB Writer' によって報告されたファイルのバックアップが完了しました。
進行状況: 2%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 6%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 12%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 19%

(中略)

'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 92%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 95%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
進行状況: 97%
'System Writer' によって報告されたファイルを現在バックアップ中です...
バックアップ操作の概要:
-----------------------

システム状態のバックアップが正常に完了しました [2013/08/20 23:35]。
正常にバックアップされたファイルのログ:
C:\Windows\Logs\WindowsServerBackup\Backup-20-08-2013_23-28-12.log


C:\Users\Administrator.AD1.001>

backup

きちんとバックアップが取得されました。
次回はこれを使ってリストアでもしてみましょう。